分子生物学实验室：主要进行新疆特殊生物基因的筛选、克隆和鉴定、质粒DNA的构建、修饰和表达研究，主要仪器有数字式凝胶成像系统、台式冷冻离心机、PCR仪、电子天平、超纯水仪、制冰机、可调式恒温水浴锅、核酸电泳仪、超净工作台、空气浴摇床等。

蛋白质分析实验室：主要进行基因的原核表达和真核表达，对表达的蛋白质进行分离、纯化和鉴定，主要仪器有低温层析柜、低压层析系统、蛋白电泳仪、冰冻干燥机、紫外分光光度计。

动物细胞培养实验室：主要开展动物组织细胞培养、开展质粒瞬时表达和转基因效率等方面的研究工作，主要仪器有二氧化碳培养箱、多气体培养箱、倒置显微镜、荧光显微镜、超净工作台、细胞离心机等。

分子免疫实验室：主要开展蛋白质疫苗的偶联、免疫动物抗血清的制备、免疫佐剂的筛选、免疫方法和免疫途径的研究、疫苗剂型和剂量的研究，ELISA的检测等。主要仪器设备有酶标仪、孵育器、匀浆器、冰箱，分光光度计等。

生物技术实验室：主要进行基因检测和分析研究，仪器设备有凝胶成像系统、冷冻离心机、PCR仪、杂交炉、基因交联仪、超净工作台、核酸电泳仪、制冰机、水浴锅等。

微生物发酵工程实验室：主要开展原核细胞表达和酵母真核表达的研究，针对构建的细菌和酵母菌的工程菌进行发酵工艺的研究。仪器设备有2升发酵罐、5升发酵罐和10升发酵罐、冰箱、离心机、分光光度计、酸度计等。

植物转基因实验室： 联合天彩公司新疆彩棉研究所开展植物优良性状目的基因的酶切鉴定、植物转基因载体的选择、质粒DNA的构建和鉴定，转基因的技术应用。主要仪器有台式冷冻离心机、PCR仪、杂交炉、电子天平、可调式恒温水浴锅、核酸电泳仪、超净工作台、空气浴摇床等。

植物组织培养实验室：开展植物组织培养及转基因植物组培的研究。利用天彩公司新疆彩棉研究所已有的条件，合作开展优良彩棉的快速繁殖技术的研究，开展转抗逆性植株的组培繁育和工厂化生产。主要仪器有空调、组培培养架、光温控制仪、超净工作台、酸度计、纯水仪等，此外建立专用的植物组织培养温室。

动物房：用于小鼠、兔子等的饲养、动物免疫实验和动物模型的研究。主要仪器设备有空调、动物饲养架、动物饲养笼、光温控制仪、超净工作台、高压灭菌锅、空气过滤器等

大型仪器室：大型仪器有扫描电子显微镜、全自动的377DNA测序仪、5700定量PCR仪、MDQ毛细管电泳仪、－80° C超低温冰箱、超速冷冻离心机、高速冷冻离心机、UV3010紫外分光光度计、10升发酵罐、大功率UPS等。